Nažalost nijedan nalaz lubanje nije kompletan, već su nađeni fragmenti čeonih, tjemenih i zatiljnih kostiju. Na nekima su izraženi jaki nadočni lukovi, kao i nagib čeone kosti. Većina fosilnih nalaza prikupljena je u četvrtom sloju krapinskog pleistocena (zona Homo sapiens neanderthalensis). Zanimljivo je kako je baš na jednom mjestu pronađeno toliko fosilnih kostiju, što je i danas predmetom brojnih rasprava. Budući da nije pronađen ni jedan cjeloviti kostur, već su nalazi uglavnom fragmentarni, tumačenje krapinskih nalaza potaknulo je različita mišljenja.

Fragmenti cjevanica krapinskih neandertalaca za mnoge su bili dokaz da su ljudi razbijali kosti i jeli koštanu srž.

 

Neki istraživači smatraju da su upravo spaljene i fragmentarne kosti dokaz kanibalizma, te da su kosti namjerno trgane, razbijane i raskoljavane kako bi se iz njih vadila koštana srž. Na nekim tjemenim kostima vidljivi su tragovi struganja, što se također povezuje s činom kanibalizma.
Drugi pak znanstvenici smatraju da je krapinska špilja bila možda ritualno mjesto gdje su pokapani mrtvi, pa je stoga tako velik broj pronađenih ljudskih kostiju.